香港卧底探员志杰（吴京）不惜变成瘾君子，潜伏犯罪集团侦查幕后主脑洪先生（古天乐）；直属上司兼叔父华哥（任达华）决定终止行动，杰却身份败露且人间蒸发！华违抗命令私自搜寻，辗转得悉杰已被关进泰国某监狱，遂只身前赴营救。
　　泰国警察阿猜（Tony Jaa）为筹钱医治患血癌的女儿转任狱卒，负责看管杰。杰与猜语言不通、身份对立，却竟是唯一可拯救猜女儿的骨髓捐赠者，猜必须保住杰的性命；但狱长（张晋）为确保幕后交易运作畅正常，必须铲除杰！
　　身体虚弱的洪先生带同胞弟（恭硕良）出现，准备进行心脏移植手术自救；原来整个监狱是洪先生操控的活人体器官供应市场……

《杀破狼2》剧情讲述的是卧底探员志杰被身患重病的黑帮头目洪爷屈在泰国黑狱。狱警阿猜是看守人，但更象是释放者，因为有志杰的骨髓能救活他的女儿。洪爷为了续命、阿猜为救女儿、志杰只为求公义，一场人性善恶、因果宿命的战斗旋即展开！”因为第一部中几位主角均已暴死，因此这个故事将以前传的形式延续展开，甄子丹扮演的“马军”不再出现。